MMDで材質の色を変えるのは、そういうシェーダーもあった気がしますが、
ライトの影響を受けて変える方法です。
シェーダーではなく、ライトの影響であれば、操作がしやすいのかなーと思います。
MMD上だけの作業ではなく、モデル自体をいじるので、PmxEを用意してください。
いじる場所は「材質」タブの「環境色」です。
ライトの影響で色を変化させたい材質を選択し、ここの環境色を変更します。
どう変更するかは、どう色を変化させたいか、という演出上の都合によると思うので、
例を挙げてみたいと思います。
左から順に、環境色「0.5，0.5，0.5」「1，1，1」「1，0，0」です。
（なんか00になってるけど気にしない）
分かりやすくスクショだと以下の通り。
この三人は瞳を灰色にして、環境色を変えています。
若干右が赤っぽいですが、通常照明だと変化なし。
照明のRGBを「0，0，255」にして青にしてみます。
このように分かりやすく色が変わりました。
左は照明の色を体と同じように受けるので全体が青になっています。
中は瞳だけ照明の影響を受けないので、瞳だけグレーに輝いているようになります。
右は赤色だけ照明の影響を受けないので、赤が残っています。
ちなみに真ん中のグレーは補色の関係で若干人によって黄色か緑色に見えると思います。
このように周りの色が変わる、瞳の色だけ変わらない、とすると、
逆に瞳の色が変わったように見える場合もあります。
ハイライトだけ白く残っているのは、ハイライト部分は「0.9，0.9，0.9」にしてあって、
照明を暗くしても影響を受けづらいようにしてあるからです。
（こういうモデルのハイライトを光らせたくない場合は、材質モーフで環境色を減らすか、
材質自体の環境色を周りの環境色と揃えるように変更すると良い）
照明をRGB「0，255，0」の緑にした場合も、
左は全体的に緑になり、真ん中はそのままでやや紫に見え、右はオレンジに見えます。
左以外は、どちらも「色が変わった」と認識できるのではないでしょうか。
環境色を「1，1，1」にすると、照明の色の影響を受けない、と書きました。
ということで応用編です。
瞳以外の環境色を全て「1，1，1」にして、瞳だけ「0.5，0.5，0.5」にしました。
照明の色は「0，255，255」の青緑。
瞳だけが青緑になっています。
これは大げさな例ですが、応用すると、
他の材質全てを「0.7，0.7，0.7」、瞳を「0.5，0.5，0.5」などにすると、
体も照明の影響を受けつつ、瞳は照明の影響を大きく受けるので、
瞳が照明によって色が変わっているように見えると思います。
あんスタの某キャラは瞳がライトによって色が変わるよ、という話題からのtipsでした。
MMDでダンス系だと動いているのもあって、アップにしないと分からないかもしれませんが、
やってみたい人はお試しください。
元の瞳テクスチャのグレーが濃さでも変わってくると思うので、
ガッツリ変えたいのか、体との色バランスを見つつ変えたいのか、
いい感じの度合いを見つけてください。
君の答えは君の中にしかない！
元のモデルはちゃんと別に保存しておくのをお忘れなく。
追記：
モデル配布側ではなく、動画制作のためにモデルを改造するなら、
材質モーフの拡散色で色変えられるようにすればいいだけかもしれない。
ライトの影響を受けて変える方法です。
シェーダーではなく、ライトの影響であれば、操作がしやすいのかなーと思います。
MMD上だけの作業ではなく、モデル自体をいじるので、PmxEを用意してください。
いじる場所は「材質」タブの「環境色」です。
ライトの影響で色を変化させたい材質を選択し、ここの環境色を変更します。
どう変更するかは、どう色を変化させたいか、という演出上の都合によると思うので、
例を挙げてみたいと思います。
左から順に、環境色「0.5，0.5，0.5」「1，1，1」「1，0，0」です。
（なんか00になってるけど気にしない）
分かりやすくスクショだと以下の通り。
この三人は瞳を灰色にして、環境色を変えています。
若干右が赤っぽいですが、通常照明だと変化なし。
照明のRGBを「0，0，255」にして青にしてみます。
このように分かりやすく色が変わりました。
左は照明の色を体と同じように受けるので全体が青になっています。
中は瞳だけ照明の影響を受けないので、瞳だけグレーに輝いているようになります。
右は赤色だけ照明の影響を受けないので、赤が残っています。
ちなみに真ん中のグレーは補色の関係で若干人によって黄色か緑色に見えると思います。
このように周りの色が変わる、瞳の色だけ変わらない、とすると、
逆に瞳の色が変わったように見える場合もあります。
ハイライトだけ白く残っているのは、ハイライト部分は「0.9，0.9，0.9」にしてあって、
照明を暗くしても影響を受けづらいようにしてあるからです。
（こういうモデルのハイライトを光らせたくない場合は、材質モーフで環境色を減らすか、
材質自体の環境色を周りの環境色と揃えるように変更すると良い）
照明をRGB「0，255，0」の緑にした場合も、
左は全体的に緑になり、真ん中はそのままでやや紫に見え、右はオレンジに見えます。
左以外は、どちらも「色が変わった」と認識できるのではないでしょうか。
環境色を「1，1，1」にすると、照明の色の影響を受けない、と書きました。
ということで応用編です。
瞳以外の環境色を全て「1，1，1」にして、瞳だけ「0.5，0.5，0.5」にしました。
照明の色は「0，255，255」の青緑。
瞳だけが青緑になっています。
これは大げさな例ですが、応用すると、
他の材質全てを「0.7，0.7，0.7」、瞳を「0.5，0.5，0.5」などにすると、
体も照明の影響を受けつつ、瞳は照明の影響を大きく受けるので、
瞳が照明によって色が変わっているように見えると思います。
あんスタの某キャラは瞳がライトによって色が変わるよ、という話題からのtipsでした。
MMDでダンス系だと動いているのもあって、アップにしないと分からないかもしれませんが、
やってみたい人はお試しください。
元の瞳テクスチャのグレーが濃さでも変わってくると思うので、
ガッツリ変えたいのか、体との色バランスを見つつ変えたいのか、
いい感じの度合いを見つけてください。
君の答えは君の中にしかない！
元のモデルはちゃんと別に保存しておくのをお忘れなく。
追記：
モデル配布側ではなく、動画制作のためにモデルを改造するなら、
材質モーフの拡散色で色変えられるようにすればいいだけかもしれない。
